中文核心期刊《科学学与科学技术管理》杂志2006年第1期刊登了中国管理科学研究院科学学研究所武书连、吕嘉、郭石林的《2006中国大学评价》。清华大学以267.55分名列第一名，北京大学、浙江大学分别以226.61分、208.03分获得第二、第三名。清华、北大、浙大已经连续7年蝉联中国大学三甲。进入前10名的大学依次还有：上海交通大学、复旦大学、南京大学、华中科技大学、武汉大学、吉林大学、中山大学。与上一年度的前10名相比，上海交通大学由第7名上升到第4名，复旦大学、南京大学、华中科技大学因上海交大连升三名而各下跌一名。

武书连认为，上海交通大学由第7名上升到第4名有两个原因。一个是上海交通大学与上海第二医科大学合并，强强联合产生了综合实力更强大的新上海交通大学；但这不是主要的，主要的原因是上海交通大学在过去的10年自身高速成长。上海交大在1997年是第21名，如果上交和上二医两校不合并，上海交通大学在2006年也会排在第5名。武书连说，如果原上交和原上二医迅速融合，上海交通大学保持最近10年的发展速度，那么将在三年以后挑战浙江大学第三名的位置。若干年以后，上海交通大学与清华北大并肩进入世界一流大学，甚至先行一步也是可能的。因为最近几年清华北大的发展速度明显低于上海交通大学，浙江大学的发展速度也高于清华北大。

《中国大学评价》课题组还评出了15所2006年中国一流大学。2006年中国一流大学名单和数量与上年完全相同。区别在于：北京大学医学从第二名上升到第一名，中国协和医科大学医学由第一名降为第二名；清华大学管理学从第三名上升到第二名，浙江大学管理学由第二名降为第三名；天津大学工学从第六名上升为第五名，华中科技大学工学由第五名降为第六名。从历年的数据分析，中国协和医科大学一旦失去医学第一名，就很难逆转。以武书连为组长的《中国大学评价》课题组还评出了36所2006年中国研究型大学。中国地质大学首次进入研究型大学。不过，由于中国地质大学已经分别在武汉、北京两地以中国地质大学(北京)、中国地质大学(武汉)两个校名分别单独办学，各类资源设施等也将陆续分开，故此次进入研究型大学实际是对过去几十年办学效果的总结。两校完全分开后，无论是中国地质大学(北京)还是中国地质大学(武汉)都很难再进入研究型大学。

与上年相比，贵州大学(与贵州工业大学合并)、成都理工大学、江南大学、中国药科大学、河北工业大学、华北电力大学等6校进入中国大学前100名，其中贵州大学、江南大学、中国药科大学、河北工业大学、华北电力大学等5校是211工程大学。

《中国大学评价》课题组同时完成了理学、工学、农学、医学、哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、管理学等十一个学科门类的排名。清华大学获得工学第一名，北京大学获得理学、医学、哲学、法学、文学第一名，中国农业大学获得农学第一名，中国人民大学获得经济学第一名，北京师范大学获得教育学、历史学第一名，西安交通大学获得管理学第一名。课题组也对中国大学300个本科专业进行了排名，北京大学、清华大学的本科专业第一名数量大幅领先其他大学。